국립문화유산연구원(당시 국립문화재연구소)에서는 1999년 6월부터 10월까지 풍납토성 동벽에 대한 발굴조사를 실시하였다. 풍납토성은 한강변의 충적대지에 축조한 순수 평지 토성으로 발굴조사 결과 밝혀진 성벽의 축조 기법을 보면 다음과 같다.
우선 토성을 축조할 생토층을 정지한 후에 약 50cm두께의 뻘흙을 깔아 기초를 다지고 폭 7m, 높이 5m 정도의 사다리꼴 모양으로 중심 토루를 쌓았다. 기저부의 정지 작업과 중심 토루의 축조가 끝난 후에는 성벽 안쪽과 바깥쪽으로 각기 사질토와 모래, 점토 다짐흙과 뻘흙 등을 위주로 한 판축 토루를 비스듬하게 덧붙여 쌓았다.
한편 일부 구간에서는 뻘흙을 10cm정도 두께로 가져다 부은 후 나뭇잎이나 나무껍질 등의 식물 유기체를 1cm정도 깔고, 다시 뻘흙을 까는 과정을 10여 차례 이상 반복하여 축조한 것도 발견하였다. 또한 식물 유기체 사이에 성벽의 횡 방향으로 각재목을 놓고 수직목을 얽어 지탱한 목재 구조물도 3단에 걸쳐 출토되었는데, 종 간격 110cm로 8열이 확인되었다.
끝으로 내벽과 외벽의 마지막 토루 상면에는 석렬을 깔아 석축을 하여 마무리하였다. 즉 내벽Ⅵ 토루는 3단으로 단을 지어 강돌을 한 겹 깔고, 마지막 4단째에는 폭 4~5m, 높이 1.5m 이상의 석축으로 마감하였다.